Являясь головной организацией по разработке и созданию информационных систем в Министерстве Российской Федерации по налогам и сборам, ГНИВЦ МНС России осуществляет свои разработки по следующим направлениям:

• общесистемные разработки и системное проектирование комплекса средств автоматизации, обеспечивающих функционирование АИС "Налог" на основе Концепции развития АИС "Налог" в соответствии с существующим налоговым законодательством осуществляются Управлением общесистемного проектирования;
• разработка и модернизация программных средств, обеспечивающих функционирование АИС "Налог" и организация их совместного функционирования для различных программно-аппаратных комплексов ведется Управлением разработки программного обеспечения федерального уровня, Управлением разработки программного обеспечения регионального уровня и Управлением разработки программного обеспечения Центров обработки данных местного уровня;
• совершенствование комплекса средств автоматизации АИС "Налог", внедрение современных технологических решений, повышающих эффективность использования, управляемость и безопасность информационных ресурсов МНС России, проводится Управлением информационных ресурсов.
• сертификация программного обеспечения, разработанного для автоматизации различных этапов налогообложения , проводится Центром сертификации и сопровождения программного обеспечения (ЦСС ГНИВЦ МНС России);
• разработка функциональных моделей деятельности Министерства Российской Федерации по налогам и сборам в соответствии с Проектом модернизации налоговой системы Российской Федерации, представленных в виде единых консалтинговых документов.